Boa tarde!
Para entender a permutação você pode pensar nos cromossomos como pedaço de massinha de modelar em formato de X.
Agora imagine que dois desses x'zinhos estão bem próximos XX
Cada um desses cromossomos tem uma informação diferente para cada uma das características que os dois descrevem, aqui vai um exemplo hipotético:
Cor da flor: V V A A (vermelha) (amarela)
Tamanho: G G P P (grande) (pequena)
Largura: L L E E (larga) (estreita)
(Centrômero) * *
Cor da folha: V V V V (verde) (verde)
Resistência: R R N N (resistente a insetos) (não resistente)
Produtividade: A A B B (alta) (baixa)
Veja que as características são descritas no mesmo loco (lugar) nos cromossomos homólogos.
Assim, se ainda imaginarmos cada um desses cromossomos como uma massinha de modelar, e que a permutação vai ser uma troca entre pedaços desses cromossomos que estiverem bem próximos, podemos imaginar uma permutação assim, por exemplo:
V A - V A
G P -- G P
L L E E
* *
V V V V
R R N N
A A B B
Veja que agora as cromátides irmãs são diferentes, não mais duas cópias, e ao final da meiose serão formadas quadro células, cada uma com uma dessas cromátides, e serão todas diferentes umas das outras. Daí vem a variabilidade genética do crossing over.
Agora, para responder a sua pergunta, observe que os genes que permutaram no exemplo (cor da flor e tamanho) estavam bastante próximos. A permutação poderia acontecer apenas no gene da cor da flor, ou também nos 3 primeiros genes (os mais próximos uns dos outros.
A probabilidade de a permutação ocorrer com dois genes (duas características) diferentes do mesmo cromossomo é maior quando os genes estão próximos (como os genes que foram permutados no nosso exemplo), e menor quando eles estão afastados (por exemplo os genes da cor da flor e da cor da folha). Isso porque, como a permutação é um processo físico de troca de genes correspondentes em locas exatos, quanto mais afastados esses locais (locos) forem, maior a quantidade de material genético deverá ser permutada.