Olá Claudiana.
O cálculo é muito complexo para ser explicado em um Tira-dúvidas. Depende do produto, de acordo específico entre os Estados e de que tipo de ligação há entre as empresas (mesma companhia, intergrupos ou nenhuma).
Se for para uma situação real, melhor você consultar um especialista tributário ou a secretaria de finanças de São Paulo e/ou Minas Gerais, ok?
A primeira pergunta será respondida abaixo.
A segunda, se for a mesma raiz de CNPJ, não pois se trata de transferência e não de venda*.
Sobre a terceira, sim, depende do produto, conforme o ICMS praticado em cada estado.
Primeira pergunta, segue simulação de uma operação de R$ 10.000,00 entre SP e MG**:
1. Calcular a Base do ICMS Inter ou Base do ICMS Próprio
Base do ICMS Inter = (Valor do produto + Frete + Seguro + Outras Despesas Acessórias - Descontos)
Base do ICMS Inter = (10.000,00 + 35,00 + 0,00 + 1.565,00 - 0,00)
Base do ICMS Inter = 11.600,00
2. Calcular o Valor do ICMS Inter ou Valor do ICMS Próprio
Valor do ICMS Inter = Base ICMS Inter * (Alíquota ICMS Inter / 100)
Valor do ICMS Inter = 11.600,00 * (12,00 / 100)
Valor do ICMS Inter = 1.392,00
3. Calcular a Base do ICMS ST
Base do ICMS ST = (Valor do produto + Valor do IPI + Frete + Seguro + Outras Despesas Acessórias - Descontos) * (1+(%MVA / 100))
Base do ICMS ST = (10.000,00 + 400,00 + 35,00 + 0,00 + 1.565,00 - 0,00) * (1+(39,00 / 100))
Base do ICMS ST = 12.000,00 * 1,39
Base do ICMS ST = 16.680,00
4. Finalmente, calcular o Valor do ICMS ST:
Valor do ICMS ST = (Base do ICMS ST * (Alíquota do ICMS Intra / 100)) - Valor do ICMS Inter
Valor do ICMS ST = (16.680,00 * (18,00 / 100)) - 1.392,00
Valor do ICMS ST = 3.002,40 - 1.392,00
Valor do ICMS ST = 1.610,40
Sucesso!
Fontes:
(*) http://www.portaltributario.com.br/artigos/transferencias-de-mercadorias-matriz-filial-conceito-tributario.htm .
(**) https://facil123.com.br/blog/substituicao-tributaria-o-que-eh-e-como-se-calcula/