Boa noite Niels (belo nome diga-se de passagem),
A reposta da sua pergunta é: Thomas Hunt Morgan. Esse cara estudou cerca de 100 milhões de moscas e cem gerações dessas moscas da espécie "Drosophila melanogaster", tomando como base as ideias de Mendel e tirando conclusões sobre a hereditariedade genética (https://pt.wikipedia.org/wiki/Thomas_Hunt_Morgan). Ele ganhou um prêmio Nobel justamente por provar a existência dos genes.
Sendo assim, por meio da observação dos fenótipos gerados a partir do cruzamento de várias linhagens, com características específicas, ele chegou ao achado experimental de que a frequência de recombinação é diretamente proporcional a distância entre os genes presentes no cromossomo.
Imagine duas cromátides irmãs, que irão permutar certos genes entre si (gene A e gene B). Se esses genes estão próximos um do outro, quando houver a quebra da parte da cromátide que será transferida, a probabilidade dessa quebra ocorrer entre esses dois genes é muito pequena. Já se esses genes estão muito distantes, a possibilidade da quebra ocorrer em qualquer ponto entre os dois é muito maior, aumentando a chance de que a cromátide final possua o gene A de um cromossomo e o gene B de outro cromossomo, formando, portanto, um cromossomo único, que mistura características dos dois cromossomos em um só. Daí vem a variabilidade genética do crossing over.
Eu acho isso bem abstrato, segue alguns links com um aprofundamento no tema e alguns exercícios para treinamento:
http://w3.ufsm.br/geneticavegetal/images/anexos/textosgenetica/Texto%207%20-%20Liga%C3%A7%C3%A3o%20e%20recombina%C3%A7%C3%A3o.pdf
https://djalmasantos.wordpress.com/2012/10/25/testes-de-mapeamento-cromossomico/
Qualquer dúvida, estou a disposição.
Att,
Rodrigo Dabés