Sim, o Empuxo não depende disso. Trata-se de uma força que o fluido aplica sobre os corpos, independentemente deles terem densidades iguais ou não.
Veja minha playlist de Mecânica dos Fluidos:
https://www.youtube.com/playlist?list=PLYEdo1cTYKpW4DYdIXrVCKt0m65zh7sCA
