A forma correta a ser usada depende do contexto.
"Funnier" é o comparativo de "funny" e é usado quando se está comparando duas coisas. Por exemplo: "This movie is funnier than the last one." (Este filme é mais engraçado que o último.)
"Funniest" é o superlativo de "funny" e é usado quando se está falando de algo que é o mais engraçado em um grupo. Por exemplo: "This is the funniest joke I've ever heard." (Essa é a piada mais engraçada que já ouvi.)
Portanto, use "funnier" quando estiver comparando duas coisas e "funniest" quando estiver identificando a coisa mais engraçada em um grupo.
