Qual a diferença entre um acorde, por exemplo E6 9, onde o 6 é posto em cima do nove, e um acorde E6 (9)? Há alguma nota que pode ser suprimida, ou não há diferença na hora da execução?
No há diferença na hora de tocar. Essa direrença no formato de grafia do acorde é apenas uma variação de representar a mesma coisa.
A princípio não há diferença. Cada editor prefere escrever de uma forma, mas não conheço nenhum exemplo de editor ou autor que use esses dois símbolos com significados diferentes. A interpretação dessa cifragem depende mais do estilo e da própria música do que da grafia da cifra.
Mesma coisa. Grafia (e interpretação) de acordes muda bastante conforme o lugar e o estilo musical.
