Vamos analisar cada uma das frases em latim:
Não é uma frase completa; é uma expressão composta por um adjetivo ("fortis") e um substantivo ("anima"). Pode ser usada em contextos onde se está mencionando ou destacando uma alma corajosa.
"Fortis anima est"
Aqui temos uma frase completa, com um sujeito ("anima"), um adjetivo ("fortis") e um verbo de ligação ("est", que significa "é"). Estamos afirmando que a alma possui a qualidade de ser corajosa ou forte.
São três frases "Fortis anima", "Fortis anima est" e "Fortis anima est" exatamente iguais na escrita. Imagino que a dúvida pode estar relacionada à pontuação ou à forma de interpretação:
Caso a dúvida seja sobre variações como "Fortis, anima est" ou "Fortis: anima est," essas formas poderiam alterar o significado:
"Anima fortis"
Portanto, a principal diferença entre "Fortis anima" e "Anima fortis" é a ordem das palavras, que pode conferir uma nuance de ênfase diferente. Já "Fortis anima est" é uma frase completa que faz uma afirmação sobre a alma.