Sim, é correto dizer "Desculpe o transtorno". A frase está gramaticalmente correta e é uma maneira educada de pedir desculpas por qualquer inconveniente que possa ter sido causado. A palavra "desculpe" funciona como um pedido de desculpas, e "o transtorno" é o objeto direto da oração, referindo-se ao incômodo ou problema em questão.
Olá, Regina. Não é correto. Pense sempre que, quem desculpa, desculpa alguém por alguma coisa. O objeto direto é sempre uma pessoa e o indireto é alguma coisa.
O correto seria escrever:
"Desculpe-me pelo transtorno."
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