A forma correta é: "Como estão seu pai e sua irmã?"
A razão para isso é que, na pergunta, você está se referindo a duas pessoas: o pai e a irmã. Portanto, o verbo deve concordar no plural. Por isso, a forma correta é "estão" em vez de "está".
Na fala ambas as formas são aceitas. Na escrita "estão" fica gramaticalmente correto.
No entanto, pressupõe-se que, no segundo caso "Como está seu pai e sua irmã?", há uma elisão do verbo, então existe uma concordância de sentido: "Como está seu pai e [como está] sua irmã?".
A fim de facilitar eu utilizaria 'estão'.
