Qual a diferença entre um acorde, por exemplo E6 9, onde o 6 é posto em cima do nove, e um acorde E6 (9)? Há alguma nota que pode ser suprimida, ou não há diferença na hora da execução?
A princípio não há diferença. Cada editor prefere escrever de uma forma, mas não conheço nenhum exemplo de editor ou autor que use esses dois símbolos com significados diferentes. A interpretação dessa cifragem depende mais do estilo e da própria música do que da grafia da cifra.
No há diferença na hora de tocar. Essa direrença no formato de grafia do acorde é apenas uma variação de representar a mesma coisa.