Quando estudamos a letra S, aprendemos que após consoantes como N, L e R, ela possui o som de SS.
Mas, como há sempre exceções na Língua Portuguesa, está aí a palavra "trânsito" para nos complicar um pouco a vida.
Por que será?
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“Se as sílabas iniciadas por ‘s’ depois de consoantes têm som de ‘ss’, por que em ‘trânsito’ o som é de ‘z’?” (Oscar Bressane)
A consulta de Oscar é interessante: se o s não tem som de z em palavras como pensamento, manso e imensidão, por que o pronunciamos assim em trânsito?
Bom, em primeiro lugar é preciso levar em conta que a palavra trânsito não é um caso isolado. Pelo contrário: na mesma categoria estão vocábulos como transigência, transe, transação, transoceânico, transalpino, transistor, transamazônica e transaminase, entre outros.
O que todos eles têm em comum, além da letra s com som de z, é o fato de serem palavras compostas com o prefixo de origem latina “trans”, que carrega a noção de “além de, para lá de, depois de”.
É a permanência de tal noção de composição que faz com que o s de “trans” soe sempre como z antes de vogal. Trans + ação = transação. (Observe-se que nunca se usa hífen depois de “trans”.)
Sim, há palavras semelhantes em que o s tem som de s mesmo: transiberiano. Mais uma vez, é a compreensão da composição que mata a charada. Isso só ocorre quando o termo ao qual o prefixo se cola começa com a letra s: transiberiano = trans + siberiano.
Texto adaptado e retirado de: http://veja.abril.com.br/blog/sobre-palavras/consultorio/por-que-escrevemos-transito-e-pronunciamos-tranzito/