As bactérias por serem seres procariontes carecem de sistemas endomembranares como as mitocôndrias. Alguns teóricos afirmam que as células eucariontes sofreram uma infecção por bactérias capazes de respirar (queimar matéria orgânica na presença de oxigênio, gerando gás carbônico, água e ATP). Muito provavelmente devido aos benefícios causados pela simbiose dessas bactérias aeróbicas e das células eucariontes é que surgiram as primeiras células com mitocôndrias. Logo estas bactérias já respiravam antes dos eucariontes surgirem, devido a presença de enzimas componentes do ciclo de Kreebs e da cadeia fosforilativa. Em outras palavras, as enzimas estão presentes, apenas não estão guardadas em uma organela com membrana, como uma mitocôndria.
