A forma correta depende do contexto. Se você está se referindo a um grupo de meninos e quer saber se havia mais de um menino, você usaria "tinham". Por exemplo: "Lá tinham meninos." Se você estiver falando de um menino singular, a forma correta seria "tinha". Por exemplo: "Lá tinha um menino."
Portanto, se a intenção é mencionar a presença de mais de um menino, a frase correta seria "Lá tinham meninos."