Leandro,
Grosso modo ramificações correspondem a "estruturas secundárias" ligadas a uma estrutura principal. Assim, grupos funcionais não são considerados ramificações porque eles caracterizam a substância, estando vinculados à estrutura principal.
Desse modo, na química orgânica, as ramificações somente podem ser apenas conjuntos de átomos de carbono ligados a outros átomos de carbono e a átomos de hidrogênio, como no exemplo, a seguir, do ácido 3-etil-4,5-dimetil-hexanóico.
H3C-CH(CH3)-CH(CH3)-CH(CH2CH3)-CH2-COOH
Nesse caso, há três ramificações, a etila (-CH2CH3) ligada ao átomo de carbono 3, e duas metilas (-CH3) ligadas aos átomos de carbono 4 e 5.
Assim, considerando o aminoácido 3-amino-4,5-dimetil-hexanóico, o grupo funcional amina (átomo de nitrogênio ligado a átomo de carbono através de ligação simples) ligada ao átomo de carbono 3, não é ramificação, enquanto as duas metilas, ligadas aos átomos de carbono 4 e 5, são ramificações. Ainda, o grupo funcional ácido carboxílico (-COOH), que igualmente caracteriza a substância, está na cadeia carbônica principal, de modo que o seu átomo de carbono é o de número 1.
H3C-CH(CH3)-CH(CH3)-CH(NH2)-CH2-COOH
Há estruturas mais complexas do que essas apresentadas, mas a lógica anteriormente apresentada continua válida. Caso tenha outras dúvidas nesse sentido, continuo à sua disposição.
Abraços,
André