Olá, Larissa,
não são a mesma coisa.
Uma molécula é a união de dois ou mais átomos ligados por ligação covalente; além disso, é uma entidade neutra. Um conjunto de moléculas iguais forma uma substância, que pode ser simples ou composta, dependendo da quantidade de elementos presentes na molécula. Assim, a molécula O2 possui apenas um elemento, então um conjunto de moléculas O2 forma uma substância simples. Já um conjunto de moléculas H2O forma uma substância composta.
Além disso, não só moléculas podem formar substâncias, como também átomos (como Fe) e aglomerados iônicos (como NaCl). Um punhado de sal é uma substância composta formada por aglomerados iônicos NaCl (claro, considerado o punhado puro).
Ou seja, falando a mesma coisa de outras maneiras, evidenciando a diferença entre molécula e substância composta:
- Uma molécula só não forma uma substância, é necessário um conjunto de moléculas iguais.
- Moléculas podem formar substâncias simples (H2) e substâncias compostas (C6H12O6).
- Substâncias compostas podem ser formadas também por aglomerados iônicos, não só por moléculas.
Espero que tenha ficado claro. Se restou qualquer dúvida pode perguntar!