Os fungos saprófagos obtêm seu alimento através da decomposição de matéria orgânica morta. São organismos decompositores muito importantes, que participam da reciclagem de nutrientes nos ecossitemas.
Os fungos parasitas se alimentam de substâncias que retiram de outros organismos vivos, causando prejuízo a estes hospedeiros. Os fungos parasitas geralmente não causam a morte do hospedeiro, mas interferem no seu crescimento.
Os fungos simbiontes vivem em associação com outros seres vivos, numa relação que traz benefícios para ambos os organismos. As micorrizas são formadas por fungos mutualísticos que se associam às raizes de plantas. Os fungos oferecem nutrientes inorgânicos para as plantas, que em troca fornecem açúcares para os fungos. Já os líquens são fungos que vivem em associação com algas ou cianobactérias. As algas ou cianobactérias oferecem açúcares aos fungos. Os fungos, por sua vez, oferecem proteção e um ambiente mais úmido, que favorece o crescimento das algas ou cianobatérias.
Os fungos predadores capturam e se alimentam de pequenos animais vivos, como vermes nematódeos que vivem no solo. As hifas destes fungos produzem substâncias ou armadilhas que imobilizam os animais. Em seguida, o fungo envolve o animal com o micélio e o digere.