Os peroxissomos possuem em seu interior, enzimas que participam da oxidação de algumas substâncias. Nisso se enquadra o processo de beta-oxidação de ácidos graxos, que é a quebra de lipídeos em acetil-CoA, disponibilizando-os para uso como fonte de energia no ciclo de Krebs. Os peroxissomos ainda participam de metabolização de álcool e ácido úrico.
Já os lisossomos, possuem enzimas digestivas. Eles podem sofrer fusão com vesículas de fagocitose ou pinocitose, digerindo seu conteúdo.
