Tanto na primeira como na segunda lei de Mendel pode ocorrer crossing over, o crossing over em si é somente a troca de pedaços de cromossomos durante a meiose, aumentando a variabilidade genética. A segunda lei de mendel estuda como os cromossomos se separam independentemente, porém o crossing over ocorre antes dessa separação. Seria como com o crossing over novos cromossomos substituíram o antigo, o que ocorre logo no início da meiose. A separação dos cromossomos ocorre já mais pra metade da meiose (mais especificamente na anáfase I). Em resumo, a segunda lei de Mendel não se preocupa com o crossing over pois ele ocorre antes da separação dos cromossomos, mas de certa forma ela leva em conta o crossing over.
Independe...pois segregação independente supõe-se que os cromossomos estudados, por exemplo V e R estariam em pares de cromossomos diferentes. O crossing over afeta as taxas gaméticas no caso de genes ligados, por exemplo V e R no mesmo par de cromossomos.
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