Olá, Beatriz!
Para descobrir o principal metabólito de um fármaco, você deve contar com a literatura, principalmente, ou seja, deve pesquisar se há trabalhos publicados a respeito daquele fármaco. Geralmente, são estudos empíricos que comprovam a existência de um metabólito principal decorrente da administração de algum fármaco.
Na verdade, o planejamento de fármacos já leva em conta inúmeros processos biológicos visando à obtenção de um metabólito principal.
Caso sejam dadas opções para vpcê apontar entre uma ou outra como sendo o metabólito principal de um fármaco, sugiro que opte por aquela estrutura mais biocompatível, ou seja, que contém grupamentos químicos bastante comuns entre as biomoléculas (como amidas, aminas e hidroxilas).