Olá, Jonathan!
Sim, em qualquer movimento que tenha componente vertical e esteja sujeito à atração gravitacional haverá a aceleração da gravidade. Esse vetor da aceleração gravidade sempre tem como direção a linha vertical e sentido para baixo.
É importante adotar um referencial (positivo para cima ou para baixo) para que haja coerência e as equações do movimento estejam corretas. Eu particularmente prefiro adotar como referencial positivo para cima e negativo para baixo.
Veja uma aula minha de Lançamento Horizontal que vai te ajudar a visualizar melhor o movimento de queda:
https://www.youtube.com/watch?v=3L1iOvd0UVo&list=PLYEdo1cTYKpVzI6CC1u9rvdNEzGUusdNc&index=10
Olá Jonathan.
Enquanto a bola está sendo lançada, é aplicada determinado impulso, que faz variar a quantidade de movimento. Neste caso, como o esforço tem o mesmo sentido da aceleração da gravidade, o módulo da aceleração nestes instantes é maior que a da gravidade.
Após a bola perder o contato com o lançador, aí sim a única aceleração atuante é a da gravidade.
Bons estudos