Vamos analisar por que a alternativa A está incorreta e por que a alternativa E é a correta.
Alternativa A) "as alianças políticas entre forças permanentes do Estado e os movimentos populares de contestação da ordem social."
O texto menciona que Jango (João Goulart) usou o apoio dos sindicatos de trabalhadores para pressionar o Congresso a antecipar o plebiscito. Isso se refere a uma tática política específica de Jango para fortalecer sua posição.
O texto também menciona que a maior parte dos militares via no presidencialismo um sistema de governo superior ao parlamentarismo, indicando um posicionamento favorável ao presidencialismo entre os militares, mas não menciona um movimento de contestação da ordem social.
A alternativa A sugere uma aliança explícita e direta entre instituições estáveis do Estado e movimentos de contestação, o que o texto não aborda explicitamente. Em resumo, o texto não trata diretamente de alianças entre forças permanentes do Estado e movimentos populares de contestação. Por isso, essa interpretação é inapropriada com relação ao trecho dado.
Alternativa E) "a importância de instituições de Estado e de organizações sociais manipuladas pelo governo, na política brasileira do momento."
O texto mostra que Jango aproveitou o apoio que tinha entre os sindicatos (organizações sociais) e contou com a visão favorável dos militares (instituições do Estado) para promover o plebiscito.
Portanto, o texto realmente ressalta a importância de instituições do Estado (os militares) e de organizações sociais (sindicatos) na política do período, condizendo com a descrição da alternativa E.
Conclusão: A alternativa A está errada porque não reflete adequadamente a relação delineada no texto entre as instituições permanentes do Estado e a base de apoio popular, enquanto a alternativa E é correta pois expõe o uso estratégico de instituições do Estado e organizações sociais pelo governo, conforme descrito no texto.
O enfraquecimento das ameaças golpistas no início de 1962 levou Jango a lançar mão do apoio que contava nos sindicatos de trabalhadores para pressionar o Congresso a antecipar o plebiscito. A seu favor estava, também, o fato de que a maior parte dos militares com cargos estratégicos enxergava no presidencialismo um sistema de governo superior ao parlamentarismo. O texto expõe, sinteticamente:
(A) as alianças políticas entre forças permanentes do Estado e os movimentos populares de contestação da ordem social. Alternativa errada, pois os movimentos populares de contestação da ordem social só serão mais fortes no governo do João Goulart a partir da crise econômica e oposição dos militares, tendo seu ápice no comício da Central do Brasil em 1964, em que João Goulart anuncia suas reformas de base. Em 1962 os sindicatos foram utilizados como manobra para adiantar o plebiscito sobre o sistema de governo a ser escolhido: parlamentarista ou presidencialista.
(B) a desqualificação dos sistemas de governo e a ênfase acentuada nos programas de reformas socioeconômicas. Alternativa errada, não há uma desqualificação dos sistemas de governo, inclusive os próprios militares consideraram o sistema presidencialista superior ao parlamentarista, em virtude de que as ameaças "comunistas" que João Goulart possuía não mais existiam até aquele momento.
(C) o reajuste dos salários dos trabalhadores de acordo com a inflação e o programa de reforma democrática das forças armadas. Alternativa errada, pois o reajuste do salário mínimo não acompanhou a inflação e não houve reforma democrática das forças armadas.
(D) a dissolução do poder legislativo pelo executivo e a concessão ao Partido Comunista do direito de participação eleitoral. Alternativa errada, pois a dissolução do poder legislativo pelo executivo só aconteceu em 1964 por parte do exército, depondo o presidente da república João Goulart.
E) a importância de instituições de Estado e de organizações sociais manipuladas pelo governo, na política brasileira do momento. Alternativa correta, pois sinaliza o poder das instituições estatais naquele moemnto e como elas se utilizaram dos sindicatos para poder influenciar no panorama político da época.