Vou aprofundar um pouco a questão.
Bom, para se entender esse conflito é preciso conhecer o contexto político da Europa no Começo do século XVI e ele tem as seguintes características: O Império de Carlos (rei de origem alemã: os Habsburgos) que assumiu por herança a coroa espanhola em 1516, tendo se tornado Imperador do Sacro Império Romano-Germânico na Alemanha em 1519, sendo por isso, o mais poderoso monarca da Europa de seu tempo, muito fortalecido por conta das riquezas extraídas das conquistas e explorações castelhanas da América (Nessa época a rica Confederação azteca foi conquistada); A expansão ultramarina portuguesa em direção a Ásia que havia atingido a Índia em 1598, conquistado o rico sultanato e entreposto comercial malaio de Malaca em 1511 e atingido as Ilhas Molucas em 1512, local de origem de valiosas especiarias como a noz-moscada e o cravo da Índia; o contexto político europeu marcado pela reforma protestante (que irá dividir os principados alemães do Sacro Império entre estados católicos e protestantes) e a ascensão da França que disputava o controle da Itália com a Espanha assim como a supremacia na Europa.
Nesse cenário, a Espanha de Carlos V, que tinha interesse no controle dessas Ilhas e por isso enviou uma expedição até elas, o que levou a guerra com os portugueses, acabará por desistir delas e firmar um tratado com os portugueses em 1529 por conta da necessidade de não ter um inimigo na sua retaguarda que, no pior dos cenários, frente a ameaça do grande vizinho, se aliasse a França, complicando os planos de poder de Carlos V na Europa e atrapalhando a luta contra os alemães luteranos e outros protestantes.
A resolução negociada desse conflito teve grande influência na história mundial, pois garantia fronteiras seguras a Espanha na Península Ibérica, condição para as guerras de Carlos V na Itália e Alemanha (aqui contra os príncipes convertidos ao luteranismo) nas décadas seguintes, levou a aliança dinástica entre Carlos V e D. João III por meio do casamento de sua filha D. Isabel com Carlos V cujo filho, Felipe II, será o rei da União Ibérica em 1580, garantiu por muitas décadas o controle português do comércio de especiárias no Oceano Índico por quase todo o século XVI e garantia a continuação do Tratado de Tordesilhas, condição para começar em 1532 o início da conquista e colonização da costa do Brasil.