Oi Julio, tudo bem? Você fez a mesma pergunta que um colega, então vou dar a mesma resposta que dei pra ele, tá bom? Qualquer dúvida, só chamar.
Então, esse afastamento entre a Igreja e o Império brasileiro é o que podemos chamar de "Questão religiosa", porque a Igreja Católica no século XIX tentou restaurar a ordem central para toda sua organização, bem como a verticalidade de sua hierarquia, o que incluiu uma nocividade do Papado em relação a alguns grupos como a Maçonaria, e veio uma carta da Igreja ao Brasil justamente reivindicando esta posição contrária contra os maçons, o que D. Pedro rejeitou logo por conta da questão do real padroado (e beneplácito) e por toda a elite brasileira, ou quase toda, ser maçom naquele momento. Houveram dois bispos brasileiros (Dom Vital e Dom Macedo Costa), no entanto, que passaram a criticar a monarquia com “voz mais alta”, e D. Pedro mandou prender ambos, criando uma polêmica em torno desta questão e catalisando assim o afastamento entre Igreja e Estado brasileiro. Isso inclusive fez com que o Vaticano percebesse negativamente a atitude do governo brasileiro, levando a um pressionamento que faz o gabinete Rio Branco cair e D. Pedro convocar o gabinete Caxias (do então Duque de Caxias), sob condição de anistia dos bispos, que foi concedida.
Porém, ainda que a anistia tivesse sido concedida, a monarquia ficou bastante mal vista frente à opinião pública com o episódio, enfraquecendo ainda mais a monarquia fragilizada pelas lutas abolicionistas, força militar depois da Guerra do Paraguai e também pela força do PRP, por exemplo.
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