a) had come
b) had studied
c) had already done
d) had learned
e) had made
Em todas as frases você está falando de uma ação que aconteceu no passado antes de outra ação ter acontecido, também no passado. A ação dita com o had + verbo é a que ocorreu por primeiro.
a) had come
b) had studied
c) had already done
d) had learned
e) had made
Vejo que sua dúvida já foi respondida. Se estiver precisando de aulas de ingles com foco em Conversação, entre no meu perfil.