Well é um advérbio e done é o particípio de um verbo. Eles dois juntos funcionam como locução adverbial. Você poderia dizer também "I prefer my steak raw" (raw = cru). Você está dizendo como você prefere sua carne, não qual carne você prefere. Pense que há uma espécie de elipse/omissão do verbo "to be" ("i prefer my steak be well done") Nem sempre a comparação com o português funciona, mas nesse caso cabe muito bem: Pense na diferença entre dizer "Eu prefiro minha casa limpa" (= eu prefiro que minha casa esteja limpa). "Eu prefiro minha linda casa" =(de todas as casas, eu prefiro a minha, que é linda).
