A questão do uso do pronome "se" após uma vírgula envolve o uso da próclise e da ênclise, que são regras de colocação pronominal no português.
Nas frases que você mencionou, o pronome "se" vem após uma pausa indicada por vírgulas, mas não é em início de oração absoluta. Em geral, quando há uma pausa por vírgula, como no seu exemplo, a tendência é manter a próclise se não houver uma regra que obrigue a ênclise. No português moderno, a próclise é muito comum e natural, especialmente no Brasil.
1) "Esse cuidado, em muitos casos, se refere à capacidade da construção."
2) "O princípio básico para detecção, nessa faixa espectral, se baseia na diferença entre as intensidades de radiação."
Ambas as frases estão corretas com a próclise (uso do pronome antes do verbo), pois essa é a estrutura mais comum e aceita em contextos dessa natureza. O uso da ênclise ("refere-se", "baseia-se") após a vírgula não seria incorreto, mas soaria mais formal e menos comum no português contemporâneo.
Romildo, essa é uma dúvida recorrente. Nesses casos, temos como mais usual a ênclise, pois não há palavra atrativa antes da vírgula, a saber: pronomes relativos, indefinido, interrogativos e demonstrativos, advérbios, palavras com sentido negativo e conjunções subordinativas. Como em 1 e 2 não há essas palavras, a vírgula predispõe a ênclise, mas não a obriga: 1) "Esse cuidado, em muitos casos, refere-se à capacidade da construção." 2) "O princípio básico para detecção, nessa faixa espectral, baseia-se na diferença entre as intensidades de radiação." Leia mais: http://www.linguabrasil.com.br/nao-tropece-detail.php?id=119. Espero ter ajudado. At.te, prof. Miguel Augusto Ribeiro.
