A resposta imune, de modo geral, depende do agente etiológico envolvido. Por exemplo, a estomatite causada pelo streptococcus viridans ativa tanto a imunidade inata (macrogafos), quanto a imunidade adquirida (linfócitos T e B). O mesmo ocorre com vírus, tais como o vírus da herpes ou citomegalovirus. No entanto, a estomatite pode ser causada por trauma local. Neste caso apenas a imunidade inata será mobilizada, uma vez que ela também tem a função de mediar resposta inflamatória e regenerar tecidos.