Felipe, o correto é "Eu não duvido que os dois existam". Com expressões que indicam dúvida, use o presente do subjuntivo. Que eu compre / tu compres / ele compre / nós compremos / eles comprem. Que eu insista / tu insistas / ele insista / nós insistamos / eles insistam. Espero ter ajudado. At.te, prof. Miguel Augusto Ribeiro.
Boa tarde, Felipe. O correto é a segunda opção- Eu não duvido que os dois existam. Por quê? Porque o sujeito está no plural - dois-, o que leva o verbo a se flexionar no plural, a fim de fazer a concordância verbal correta. Volte sempre!