Por que o "que" da frase a seguir é um pronome relativo: "o que queres não está aqui"

Pronome relativo é uma classe de pronomes que substituem um termo da oração anterior e estabelecem relação entre duas orações.

Por exemplo: "O que queres não está aqui"

Quando alguem diz uma frase assim é porque essa pessoa já havia citado antes algo mais completo...

Tu queres "algo" (esse algo pode ser várias coisas que não sabemos, pois não conhecemos o que foi dito anteriormente). Então, vamos imaginar que esse "algo" seja um livro. Tu queres o livro. O livro não está aqui.

O 'que" substitui esse "algo", ou seja, o livro, que já havia sido mencionado anteriormente ( na primeira oração)

Pronome é a palavra que representa, acompanha ou substitui um nome, um termo usado com a função de um nome, um adjetivo ou toda uma oração que a segue ou antecede.

O pro- de pronome significa  'em lugar de'. Portanto, ao pé da letra, pronome é o que vem no lugar do nome.

Já o termo relativo é o que exprime relação, que tem relação, ligação ou conexão com alguma coisa.

Os pronomes relativos (que, quem, qual, cujo, onde, como, quanto) são aqueles que substituem ou modificam um nome antecedente. Chamam-se relativos porque sempre se relacionam com outros termos.

O pronome relativo relaciona uma oração, que ele introduz, a um substantivo ou equivalente, que o antecede e que ele representa. A oração que o pronome relativo introduz é chamada de adjetiva ou relativa (oração subordinada adjetiva), e ele une essa oração subordinada adjetiva à oração principal. A oração introduzida por um pronome relativo exerce, em relação ao seu antecedente, a função de adjunto adnominal.

Exemplos:

• A propaganda que fizemos foi eficaz.

O pronome que é relativo porque substitui o nome antecedente propaganda: A propaganda a qual fizemos foi eficaz.

• "A vida é um cárcere, cuja chave é a morte."

O pronome cuja é relativo: modifica o nome antecedente cárcere, embora concorde com o consequente chave.

Observação:

Emprega-se o pronome relativo para evitar a repetição do nome que o antecede.

Exemplos:

• Comprei o livro. O livro é bom.

Para evitar a repetição do substantivo livro, recorreu-se ao pronome relativo que:

• O livro que comprei é bom

O mesmo se aplica ao exemplo por você citado:

• Queres isto. Isto não está aqui.
• O (Isto) que queres não está aqui.

"O" que queres não está aqui. 

O "O", na frase é um pronome demonstrativo  - aquilo - e o que é um pronome relativo porque recupera a palavra anterior que é aquilo. 

Então, a frase fica assim: Aquilo ( o qual aquilo queres) não está aqui.