Em português, a vírgula é usada principalmente para separar elementos dentro de uma frase e não é convencional usá-la para marcar uma pergunta diretamente. No exemplo que você deu, a frase "certo, marcar a terapia na segunda, às 16h" parece ser uma tentativa de confirmação de algo previamente discutido. Se você quiser transformá-la em uma pergunta, poderia reescrevê-la assim: "Está certo marcar a terapia para segunda, às 16h?" Dessa forma, a intenção de fazer uma pergunta fica mais clara com o uso de uma estrutura interrogativa e do ponto de interrogação no final.
a vírgula é usada principalmente para separar elementos dentro de uma frase e não é convencional usá-la para marcar uma pergunta diretamente.