Olá Felipe,
Nas duas oração está faltando a preposição "sobre", já que quem tem dúvida, tem dúvida sobre alguma coisa.
Na segunda oração, o pronome "qual", em vez de "que", também é mais adequado.
Dessa forma, o correto seria:
"Nós estamos com dúvida sobre quais computadores vamos trocar." e
"Nós estamos com dúvida sobre qual computador vamos trocar."
Abraços.
