Bom dia, Márcia!
Quanto a interpretação, as três carregam a mesma semântica: pessoas unidas obtiveram a vitória e o sujeito da primeira oração ficou contente. A posição do "juntos" não muda sua interpretação (neste caso que você apresentou).
Agora, se você quer entender o porquê do "juntos" na segunda frase está entre vírgulas, o motivo é:
Temos duas orações ligadas por uma conjunção integrante "que". A ordem natural é: sujeito, verbo e predicado. Na segunda oração o "juntos" (parte do predicado) foi deslocado para antes do verbo, e está depois do "que", portanto, fica entre vírgulas.
Nas outras duas frases "juntos" e "desafios" são parte do predicado e a mudança de sua ordem não pede vírgula (e nesse caso que você deu não há mudança de semântica).
Desejo um ótimo dia para você!
Ei Márcia! O significado da palavra "juntos" é o mesmo nas 3 frases, o que mudou foi que, com o uso da vírgula, o termo ficou enfatizado, ganhando assim mais peso, maior importância no contexto. Ou seja, na segunda frase o locutor considera que o fato de estarem juntos foi primordial para que vencessem os desafios, já na primeira e terceira frase o locutor não destaca a importância de estarem juntos para vencer os obstáculos referidos. Há ainda o fato de que na terceira frase, apesar de o peso de "juntos" ser o mesmo da primeira frase o tempo verbal muda dando a ideia de continuidade e não de algo passado e encerrado , como nas duas outras frases.
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