Sim, há uma diferença sutil entre as duas frases devido ao uso das vírgulas.
Nesta frase, a oração "que estão em cima da mesa" é uma oração subordinada adjetiva restritiva. Isso significa que ela especifica ou restringe quais maçãs são suas. Implica que, entre várias maçãs, apenas aquelas que estão em cima da mesa são suas.
"As maçãs, que estão em cima da mesa, são minhas."
Em resumo, a primeira frase restringe a um subconjunto específico de maçãs, enquanto a segunda dá uma informação adicional sobre as maçãs que já foram identificadas como suas.