Olá Victória td bom? Vou responder por aqui mas em caso de dúvidas por favor me envie um inbox, OK? (Desculpa a formatação, to postando do cel)
Bem, vou tomar como exemplo os hidrocarbonetos, acho que assim fica mais fácil: a cadeia carbônica principal deve ser a mais longa possível e incluir o maior número possível de insaturações.
No entanto a cadeia carbônica principal deve ser, antes de tudo, a que apresenta a maior quantidade de ramificações, ou seja, quando vc for "selecionar" a cadeia principal é possível sim que "sobre" alguma insaturação fora da cadeia principal, ou seja, em algum radical (chamado de radical insaturado).
É o caso por exemplo do radical vinil ( H2C=HC- ) importante característica na cadeia do plástico PVC.
Quanto à nomenclatura é comum que radicais orgânicos insaturados sejam chamados pela sua nomenclatura usual (vinil, alil... etc), e não IUPAC (sufixos -enil ou -inil, para ligações duplas ou triplas, respectivamente).
Espero ter ajudado, se sim, dê um pontinho ajuda bastante :)