Primeiro, o pesquisador irá definir quais os objetivos da pesquisa documental para a análise de dados. Depois, organizará e classificará os documentos conforme categorias selecionadas para o estudo e por último, realizará uma interpretação dos dados obtidos e assim concluir.
A pesquisa documental pode ser feita de várias maneiras. Uma delas é quando se tem um corpo documental em mãos, um acervo público ou particular. O pesquisador deverá fazer a leitura dos documentos, a fim de organizar tal arquivo, desta maneira irá descobrir quais os principais temas do acervo. A partir da leitura o historiador/pesquisador poderá formular questões problema, dúvidas e lacunas sobre as quais ele quer se debruçar, a partir do que dizem os documentos que ele tem em mãos.
Outra possibilidade é que, a partir de uma inquietação própria, natural do pesquisador, uma questão problema pode definir qual o corpo documental que irá pesquisar. Como por exemplo, se o pesquisador se interessa por exemplo por uma vila, como Paranapiacaba, na serra do Mar no Estado de São Paulo, considerada um distrito do município de Santo André, ele deve buscar em todos arquivos pertinentes da cidade (talvez ns arquivos em Santo André), e descobrir fatos e atos e vestígios do passado, a história, a memória, as curiosidades, o porquê da cidade ter um ar tão sombrio... o clima... às quatro horas da tarde já tem cerração.... Enfim. a paixão por um tema pode levar aos documentos, ou então, os documentos podem te levar a um tema.