Formula nao puxa valor dentro da função

O que faltou no seu código foi a forma de se chamar a função, quando vc transforma o código em função vc deve chama-lo de uma forma diferente, assim vc poderá invocá-lo quantas vezes quiser a chamada ficaria assim: contarNumeroDaLetraEscolhida("a", "Maria foi na padaria")

Outra coisa que faltou foi o que essa função retorna, qual é a resposta dela, no nosso caso o correto seria ela retornar o valor de ocorrências e vc poderia armazenar essa resposta em uma variável ou até mesmo imprimir como fez, e ficaria assim: console.log(contarNumeroDaLetraEscolhida("a", "Maria foi na padaria"));

Ficou claro que agora que o trecho do seu código é uma função vc poderia executá-la podendo testar outros valores facilmente? segue abaixo o código completo:

    function contarNumeroDaLetraEscolhida(letra, frase){
        var ocorrencias = 0

        for (var i = 0; i < frase.length; i++) {
            if (frase[i].toLowerCase() === letra) {
                ocorrencias++;
            }
        }
        return ocorrencias; //Retorno da função
    }

    console.log(contarNumeroDaLetraEscolhida("a", "Maria foi na padaria")); //Chamada da função para imprimir no console
    console.log(contarNumeroDaLetraEscolhida("e", "esta casa tem escadas")); //usando a função com uma frase diferente
    var resultado = contarNumeroDaLetraEscolhida("o", "ontem fomos de carro"); //armazenando retorno da função em uma variável
    alert(resultado); //mostrando o valor que foi colocado na variável

Espero ter ajudado, bons estudos