Marcelo,
Diferenciar as subespécies ainda é muito sutil, porém diferenciam em subespécie, geralmente, quando já estão no início da etapa de isolamento geográfico. Aparecem diferenciações sutis, porém se as subespécies se encontrarem é possível o cruzamento e ainda geração de indivíduos férteis. Por exemplo, temos indivíduos da mesma espécie, provavelmente subespécies diferentes, em ilhas próximas, A - B - C, sendo A e B, próximos, B e C próximos e A e C distante entre si. As subespécies A e B ao cruzarem, geram indivíduos férteis. O mesmo ocorre ao cruzar indivíduos B e C. Porém, os indivíduos A e C já não conseguem gerar indivíduos férteis. Percebe-se agora a sutileza entre as subespécies. Sobre a nossa espécie Homo sapiens sapiens (lembrando que os 3 termos deveria estar em itálico ou grifados individualmente), estudos recentes mostram que ocorreu cruzamento com os Homo neanderthalensis. Pesquise mais no artigo "O CONTATO ENTRE O HOMO NEANDERTALENSIS E O HOMO SAPIENS: DADOS PALEOANTROPOLÓGICOS, GENÉTICOS E ARQUEOLÓGICOS de Giulia Marciani. Percebe-se que em algum ponto duas espécies podem ter se cruzados e criados descendentes férteis para surgimento de uma nova espécie. Porém, não ache que isso acontece a todo momento porque toda espécie tem isolamentos reprodutivos (pré-zigóticos: ecológicos, estacional, mecânico, etológico/ pós-zigóticos: mortalidade do zigoto, inviabilidade do híbrido, esterilidade do híbrido) dificultando muito essas ocorrências.
Quanto como chamar o terceiro termo que indica a subespécie, concordo com o Professor Lucas C. Rocha, que diz que
pode ser indicado como epípeto subespecífico. Destaca-se que essas são classificações gerais, sendo que tem o Código de Nomenclatura Zoológico, Código de Nomenclatura Botânica e Código de Nomenclatura Bacteriana, cada um com suas especificações, com classificações intermediárias as tradicionais (tais como, subespécie, supraespécie, subgênero, supragênero, variedades, etc).