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Existem dois tipos de mutualismo: o facultativo e o obrigatório.
No facultativo, também chamado de protocooperação, os organismos conseguem viver separados, pois não dependem um do outro para sobreviver.
No mutualismo obrigatório, a dependência é dos dois, um não consegue viver sem o outro. Um exemplo bem específico é o caso das células eucariontes e as mitocôndrias (de origem bacteriana). Antes, ambas viviam separadas, mas uma vez estabelecida a relação, uma não sobrevive mais sem a outra (a célula eucariótica perderia sua principal fonte de energia e as mitocôndrias sua proteção e disponibilidade "fácil" de matéria orgânica)
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